Testy genetyczne na SARS-CoV-2

Metoda RT-LAMP a RT-PCR

Porównanie technik RT-LAMP i RT-PCR

 

 

 

RT-LAMP

RT-PCR

Reakcja odwrotnej transkrypcji
Tak, jednoczesna z reakcją amplifikacji cDNA
Tak, osobny etap temperaturowy
Startery/sondy
Wykorzystuje się od 4 do 6 starterów hybrydyzujących do 6-8 miejsc w analizowanej sekwencji. Dzięki temu spada prawdopodobieństwo powielenia innego niż docelowy fragment materiału genetycznego
Wykorzystuje się parę starterów hybrydyzującą do jednego miejsca w analizowanej sekwencji oraz jedną sondę molekularną hybrydyzującą do fragmentu cDNA znajdującego się pomiędzy dwoma starterami)
Denaturacja termiczna
Etap denaturacji termicznej nie jest konieczny – wykorzystanie zdolności polimerazy Bst do przemieszczania nici
Nici DNA muszą zostać rozdzielone, żeby startery i sondy mogły się przyłączyć
Czas trwania procesu
Proces zachodzi w stałej temperaturze zawierającej się w przedziale 60-70°C, trwa zwykle ok. 30 minut
Proces zwykle składa się z trzech powtarzających się cyklicznie około 40 razy, etapów: denaturacja (95°C), przyłączanie (50-60°C), wydłużanie (72°C). Etapy te poprzedzone reakcją odwrotnej transkrypcji trwającą od 10 do 30 minut. Cały proces analizy w zależności od badanego materiału oraz użytych odczynników trwa od 1,5 do 3 godz.
Czułość
Pozwala wykryć mat. genetyczny w ilości 10(-15) g
Pozwala wykryć mat. genetyczny w ilości 10(-9) g
Niezbędny sprzęt
Termocykler
Termocykler

 

Na podstawie: Dhama K., Karthik K., Chakraborty S., Tiwari R., Kapoor S., Kumar A., Thomas P.: Loop-mediated isothermal amplification of DNA (LAMP): a new diagnostic tool lights the world of diagnosis of animal and human pathogens: a review. Pak. J. Biol. Sci. 2014, 17, 151-166.