RT-LAMP

RT-PCR

Reakcja odwrotnej transkrypcji

Tak, jednoczesna z reakcją amplifikacji cDNA

Tak, osobny etap temperaturowy

Startery/sondy

Wykorzystuje się od 4 do 6 starterów hybrydyzujących do 6-8 miejsc w analizowanej sekwencji. Dzięki temu spada prawdopodobieństwo powielenia innego niż docelowy fragment materiału genetycznego

Wykorzystuje się parę starterów hybrydyzującą do jednego miejsca w analizowanej sekwencji oraz jedną sondę molekularną hybrydyzującą do fragmentu cDNA znajdującego się pomiędzy dwoma starterami)

Denaturacja termiczna

Etap denaturacji termicznej nie jest konieczny – wykorzystanie zdolności polimerazy Bst do przemieszczania nici

Nici DNA muszą zostać rozdzielone, żeby startery i sondy mogły się przyłączyć

Czas trwania procesu

Proces zachodzi w stałej temperaturze zawierającej się w przedziale 60-70°C, trwa zwykle ok. 30 minut

Proces zwykle składa się z trzech powtarzających się cyklicznie około 40 razy, etapów: denaturacja (95°C), przyłączanie (50-60°C), wydłużanie (72°C). Etapy te poprzedzone reakcją odwrotnej transkrypcji trwającą od 10 do 30 minut. Cały proces analizy w zależności od badanego materiału oraz użytych odczynników trwa od 1,5 do 3 godz.

Czułość

Pozwala wykryć mat. genetyczny w ilości 10(-15) g

Pozwala wykryć mat. genetyczny w ilości 10(-9) g

Niezbędny sprzęt

Termocykler

Termocykler